こんにちは、nobu2394.comです。
この記事を最初に書いたのは2020年4月。住宅ローン控除を受け始めて2年目になり、私は素朴な疑問を持ちました。
『1年目は確定申告で税務署から還付されたけど、2年目はどうやってお金が戻ってくるんだろう？』
会社員の場合、住宅ローン控除は1年目と2年目以降で手続きも還付のされ方も違います。
2020年当時の自分の実体験を残しつつ、2026年の制度で答え合わせします。
この記事の結論
- 給与所得者が住宅ローン控除を初めて受ける年は、原則として確定申告が必要
- 2年目以降は、一定の要件を満たせば勤務先の年末調整で住宅ローン控除を受けられる
- 年末調整で所得税を払い過ぎていれば、その差額は勤務先を通じて精算・還付される
- 還付が給与明細に反映される時期や表示方法は勤務先によって異なる
- 2026年現在は、従来の年末残高証明書を使う『証明書方式』に加え、『調書方式』への移行も進んでいる
住宅ローン控除は1年目と2年目以降で手続きが違う
まず、一番大きな違いからです。
国税庁によると、住宅ローン控除の適用を受ける最初の年分は確定申告が必要です。
一方、給与所得者は、2年目以降については年末調整で住宅ローン控除の適用を受けることができます。
これは2020年当時も2026年現在も基本的に同じです。
1年目は確定申告｜税務署から還付された
私の場合、2018年に自宅へ入居し、最初の住宅ローン控除は確定申告で手続きしました。
1年目は確定申告の結果、還付が発生すると、指定した口座へ税務署から振り込まれます。
私の初回申告では、書類不足で還付手続きが止まり、税務署へ確認した経験もあります。還付金がなかなか振り込まれない場合の確認方法は、【2026年版】確定申告の還付金が振り込まれないときは？e-Tax確認と税務署へ連絡した実体験にまとめています。
2020年の元記事では、私自身もこの流れを経験していたため、
『1年目は確定申告 → 税務署から銀行口座へ還付』
という認識でした。
初めてe-Taxで確定申告したときの体験はこちらにまとめています。
【実体験】初めてのe-Taxで還付54万円｜初心者が迷ったポイントを2026年に答え合わせ
2年目以降は会社員なら年末調整で住宅ローン控除を受けられる
2年目以降は、会社員で年末調整の対象になっている場合、勤務先へ必要な書類やデータを提出して住宅ローン控除を受けることができます。
つまり、毎年必ず住宅ローン控除のためだけに確定申告をしなければならないわけではありません。
国税庁も、給与所得者については2年目以降、年末調整で適用を受けられると案内しています。
2年目の還付金はどこから戻ってくる？
ここが、この元記事を書いたときに私が一番知りたかったところです。
年末調整では、1年間に給与から源泉徴収された所得税と、その年に本来納めるべき所得税を勤務先が計算し直します。
住宅ローン控除を反映した結果、税金を払い過ぎていた場合、その差額は勤務先を通じて還付・精算されます。
国税庁も、年末調整で過納額が生じた場合、給与の支払者がその差額を各人に還付する仕組みを案内しています。
だから1年目のように、住宅ローン控除分だけが税務署から別に振り込まれるとは限りません。
私の場合は年末の給与明細で『いつもと違う金額』になっていた
2020年当時、私は前年の給与明細を見返しました。
すると、年末調整が行われた時期の給与が、普段とは明らかに違う金額になっていたことを確認しています。
当時の記事では『給料にドカッと上乗せされて返ってくる』と書いていました。
感覚としてはそれで合っていますが、2026年に言い直すなら、
『年末調整で所得税の過不足を精算し、還付がある場合は勤務先を通じて戻ってくる』
がより正確です。
なお、還付を何月の給与で反映するか、給与明細にどのような項目名で表示するかは勤務先によって異なります。
『12月の給料に必ず住宅ローン控除額が丸ごと入る』とは限らない
ここは元記事から少し修正したいポイントです。
住宅ローン控除には『控除可能額』がありますが、その金額がそのまま全額、現金で給与口座へ入るとは限りません。
住宅ローン控除は所得税から差し引く税額控除です。
そのため、所得税から控除しきれない金額がある場合には、一定の範囲で翌年度の住民税から控除されるケースがあります。
つまり、
『住宅ローン控除額＝年末に受け取る現金』
と単純に考えない方がいいです。
2年目以降に勤務先へ出す書類は？
従来の証明書方式では、年末調整で住宅ローン控除を受ける際に、税務署からの住宅借入金等特別控除申告書・控除証明書と、金融機関の年末残高等証明書などを勤務先へ提出します。
ただし2026年現在は、住宅ローン控除の手続きで『調書方式』への移行も進んでいます。
調書方式に対応した金融機関では、金融機関から税務署へ年末残高情報が提出され、国税当局から納税者へ情報が提供されます。マイナポータル連携を使えるケースもあります。
一方ですべての金融機関・すべてのケースが同じではありません。
自分の借入先が証明書方式なのか調書方式なのかを確認するのが確実です。
住宅ローン控除の必要書類については、こちらの記事で詳しく整理しています。
【2026年版】ふるさと納税・住宅ローン控除の確定申告に必要な書類
2年目以降でも確定申告を使うことはある
『2年目以降は年末調整』と書くと、もう確定申告できないように見えますが、そういう意味ではありません。
年末調整で住宅ローン控除を受けなかった場合など、2年目以降に確定申告で住宅ローン控除の適用を受けることもできます。
また私のように、
- 米国株の外国税額控除
- 株式関係の申告
- ふるさと納税など
別の理由で確定申告をする会社員もいます。
2020年の元記事では『2年目以降に確定申告しても住宅ローン控除は年末調整の方で処理される』と書いていましたが、この表現は少し雑でした。
年末調整で住宅ローン控除を受けたうえで後から確定申告する場合は、年末調整済みの源泉徴収票の内容も含めて、その年の所得税全体を確定申告で計算することになります。
2020年の記事を2026年に答え合わせ
- 住宅ローン控除の1年目は原則確定申告 → ○
- 会社員は2年目以降、年末調整で住宅ローン控除を受けられる → ○
- 2年目の還付は勤務先を通じて戻る → ○
- 必ず12月の給料に住宅ローン控除可能額がそのまま全額入る → ×
- 2年目以降は確定申告ができない → ×
- 2020年当時と2026年で必要書類やデータ連携の仕組みが全く同じ → ×
まとめ｜会社員の住宅ローン控除は2年目からかなり楽になる
初めて住宅ローン控除を受けたとき、私は確定申告の準備だけでもかなり戸惑いました。
でも会社員の場合、2年目以降は年末調整を利用できるため、住宅ローン控除だけを理由に毎年確定申告する必要は基本的にありません。
そして還付がある場合も、1年目とは違い、勤務先の年末調整を通じて精算されます。
2020年当時は『いつ、どこからお金が戻るの？』という単純な疑問から書いた記事でした。
6年後に制度を確認してみると、基本的な理解は合っていました。
ただ、現在は調書方式やマイナポータル連携など、手続きのデジタル化が進んでいます。
住宅ローン控除は入居年や住宅の区分によって控除率・借入限度額・控除期間なども違うため、実際の手続きでは国税庁と勤務先の最新案内を確認してください。
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※この記事は私自身の住宅ローン控除の実体験と、2026年9月時点で確認した国税庁の公開情報をもとにまとめています。住宅ローン控除の適用条件や必要書類、年末調整の処理時期は個別の条件や勤務先によって異なります。
